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La présence humaine sur les Medes remonte à la colonisation de Roses par les Grecs, attestée par les amphores, les roues de moulin manuelles, les fragments de vases et les jas de plomb, de pierre ou d’ardoise trouvés dans les environs. Vraisemblablement en ce temps-là, on exploitait déjà la carrière de plâtre qui donne son nom à la pointe NO de la Meda Gran. Les lacrymatoires d’argile et de verre et les os humains également découverts sur la Meda Gran font penser que l’île a servi de nécropole.
De par leur situation stratégique près de la côte, qui permettait des attaques rapides et assurait la retraite, les îles deviennent, au Moyen Âge, un refuge de pirates qui menacent les villes et les fermes de la côte, mais aussi le commerce maritime, en particulier celui de Barcelone. Martin 1er l’Humain forme le projet d’y construire une tour de défense et y installe un monastère pour les chevaliers du Saint Sépulcre, mais l’ouvrage de fortification, très onéreux, n’est achevé que longtemps plus tard et les chevaliers abandonnent l’île. L’ensemble des bâtiments est plusieurs fois occupé, les dépendances et la chapelle de Sant Miquel sont incendiées par les Génois au cours d’une attaque en 1442, et le tout disparaît en 1552 avec l’effondrement de la pointe occidentale de la Meda Gran.
Avec les conflits de la fin du XVIII ème siècle, les Medes reprennent une certaine importance: en 1794, pendant le guerre contre la Révolution, les Français y construisent une fortification, reprise ensuite par les Anglais, et qui sert aussi de prison militaire. Pendant la guerre contre Napoleon, les îles sont de nouveau occupées par les Français. Plus tard, s’y installe une garnison, de plus en plus réduite ,jusqu’en 1890.
On trouve encore, ici et là, des restes d’anciennes batteries et de constructions militaires. La silhouette caractéristique de l’ancien phare, construit en 1866 sous Isabelle II, s’élève toujours, dégradée par le temps, au-dessus du logement des gardiens. En 1930, un nouveau phare automatique a été construit, qui fonctionne aujourd’hui à l’énergie solaire. A partir de 1932, l’homme abandonne définitivement la Meda Gran. La nature a repris son droit absolu sur les îles qui sont devenues un paradis ornithologique.
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