Les fonds rocheux ne constituent qu’un faible pourcentage des fonds marins. Cependant, d’une grande complexité topographique en Méditerranée, ils constituent des zones idéales d’exploration sous-marine par la richesse et la grande diversité de leurs peuplements et forment l'essentiel des plongées aux îles Medes.

Les roches calcaires s’enfoncent généralement d’une manière abrupte pour former des falaises le long desquelles on peut suivre l’évolution des peuplements en profondeur.

Au fur et à mesure que l’on descend dans la zone infralittorale, zone immergée en permanence, on observe d’une part un recouvrement de plus en plus important des parois et d’autre part une diversification de la flore et de la faune. La physionomie du peuplement des parois est localement la résultante de l’action complexe d’un certain nombre de facteurs physiques tels que l’agitation, la quantité de lumière ou de sédimentation.

Vers la surface, les zones très agitées présentent des peuplements pauvres dominés par des algues vertes et des oursins (Arbacia lixula, Paracentrotus lividus). Dans les zones calmes peuvent se développer d’importants peuplements d’algues brunes (cystoseires).

D’une manière générale, les parois exposées au sud sont plus pauvres que les parois nord et les surplombs présentent une densité maximale de recouvrement avec des peuplements denses à grande gorgone (Paramuricea clavata). Ces différences s’atténuent en profondeur où les parois, présentent une palette très variée de formes et de couleurs, composée d’une multitude d’éponges encroûtantes (Crambe crambe) ou dressées (Axinella, Petrosia...), de bryozoaires (Hippodiplosia, Sertella, Myriapora), d’octocoralliaires (Alcyontum, Paramuricea, Eunicella), de mollusques bivalves (Arca, Ostrea), de vers polychètes (spirographes, serpules). Parmi cette faune fixée, circule toute une faune vagile de crustacés (crevettes, crabes), d’annélides errantes, de mollusques (gastéropodes, nudibranches) et de poissons variés (rascasses, blennies, gobies) dont certains trouvent refuge le jour dans les anfractuosités ou fissures et ne sortent généralement que la nuit pour chasser (congres, murènes).

Les fonds rocheux circalittoraux ont été assez peu explorés en raison de leur isolement et de leur profondeur. Ils offrent des peuplements tout à fait particuliers, émergeant des zones sablovaseuses ou vaseuses environnantes.

Vers la partie supérieure de la zone, on peut observer des peuplements à dominance d’algues brunes ; ce sont essentiellement les fonds à cystoseires présentant une forme végétative dense en été. Sur le support colonisé par des algues encroûtantes se mêlent également des gorgones, des bryozoaires ou des hydraires. Les cystoseires servent d’abri à toute une petite faune vagile de vers, de mollusques ou de petits crustacés.

Ces peuplements contrastent de manière étonnante avec les fonds envasés environnants, d’apparence désertique, où seuls émergent parfois quelques oursins (Cidaris cidaris, Achinus melo).

Les fonds concrétionnés

Dus à une activité biologique, ces fonds sont constitués par des concrétions suffisamment importantes pour donner naissance a de véritables formations, peuplées secondairement par une flore et une faune très riches. Leur origine peut être soit animale, soit végétale.

Au niveau de la surface, dans la zone médiolittorale, se développe un faciès caractéristique de la Méditerranée occidentale: le trottoir à Lithophyllum tortuosum. Il se présente sous la forme d’une corniche d’algues calcaires encroûtantes, ceinturant les côtes et les îlots rocheux des stations battues.

Sous l’encorbellement, pouvant atteindre un mètre en largeur, se situe une zone à mollusques bivalves perforants (lithodomes), et le plus souvent, une zone à concrétions calcaires riches en algues rouges ou vertes (Enteromorpha). Dans cette zone, on peut observer fréquemment une ceinture d’algues rouges calcaires dressées, du genre Corallina, plus ou moins associée à la moulière à Mytilus galloprovincialis.

A la surface et dans les macrocavités du trottoir, s’installe une faune fixée (éponges, hydraires, actinaires, bryozoaires, moules), et vagile foisonnante d’oursins, ophiures, gastéropodes (Murex, Trochochlea, Patella), chitons, annélides et crabes (Pachygrapsus).

Mais c’est dans la partie supérieure du circalittoral que l’on peut observer les formations organogènes les plus spectaculaires, avec le développement de tonds concrétionnés de type coralligène. Se développant au large des principaux caps, ils peuvent s’étendre dans la zone du golfe du Lion sur plusieurs kilomètres carrés, et atteindre une épaisseur de 2 mètres sur les côtes françaises, et jusqu’à 4 mètres sur les côtes espagnoles (cap Creus).

Facilement observables dans ces zones entre 25 et 45 m de profondeur, ces formations se situent beaucoup plus profondément dans les zones où les eaux sont plus claires. Les principales algues formatrices sont des lithothamniées, algues rouges calcaires encroûtantes (Pseudolithophyllum expansum, Neogoniolithon mammillosum) qui ont leur optimum de développement à une moindre intensité lumineuse.

Par contre, plus en profondeur, ces formations disparaissent dès que la quantité d’énergie lumineuse n’est plus suffisante pour assurer leur survie. Dans sa zone optimale de développement, le coralligène forme de véritables plateaux entaillés de couloirs, dont les parois sont creusées de grottes, de fissures, le tout présentant un aspect assez anfractueux.